早速の返信ありがとうございます。
状況を少し詳しくしらべていました。

A)貫太の既存タブでなにか文章を作成し、それをNotepad(1)にコピーする
→正常コピー
B)貫太を終了、再起動。上記と同じタブの同じ文章をコピー
→文字化け
C)貫太が自動保存したファイルをNotepad(2)で開きNotepad(1)にコピー
→正常コピー

という具合です。
どうも一旦保存したファイルで問題がおきるようです。

Windowsが日本語Nativeではなく、英語Nativeであることがなにか関係するのでしょうか。